Gen de aspe prensipal, yon sel se pwoteyomik estriktirel, ak lot la se pwoteyomik fonksyonel. Fontye rechech li yo ap apepre divize an twa zon:
(1) Etabli pwoteyom nan oswa subproteome ak gwoup lyen pwoteyin li yo pou oganis oswa selil tisi ki gen rapo ak jenom oswa transcriptome baz done a, ki se, pwoteyomik konstititif.
(2) Fe pwoteomik lokal oswa pwoteyomik konparatif nan sistem fizyolojik enpotan ak patolojik oswa pwosesis pou pwosesis lavi enpotan oswa maladi pi gwo.
(3) Pou etidye enteraksyon ki genyen ant pwoteyin nan yon varyete teknoloji avanse ak kat pwoteyin yo nan yon sistem seten, ki se, pwoteyomik enteaktif, li te ye tou kom "selil atlas" pwoteyomik.
Anplis de sa, ak apwofondi a nan rechech pwoteomik, kek direksyon rechech nouvo te paret, tankou pwoteyomik subcellular ak pwoteomik quantitative. Pwoteomik se yon metod rechech enpotan nan sistem byoloji.